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Abstrait
Bioinformatique pour la métagénomique virale
Davit Bzhalava et Joakim Dillner
La détection de la présence de virus connus et inconnus dans des échantillons biologiques est aujourd'hui réalisée en routine à l'aide de la métagénomique virale. Étant donné que la vitesse de séquençage et le coût par base diminuent rapidement avec les nouvelles technologies de séquençage de nouvelle génération, telles que HiSeq (Illumina), 454 GS FLX (Roche), SOLiD (ABI) et Ion Torrent Proton (Life Technologies), l'analyse bioinformatique est aujourd'hui une partie très importante et de plus en plus exigeante de l'analyse métagénomique virale. Dans cette revue, nous mettons en évidence certains des principaux défis et les outils bioinformatiques les plus couramment adaptés à la métagénomique virale.