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Abstrait
Études comparatives et évolutives des gènes et des protéines de la pyrophosphatase mitochondriale et cytoplasmique (PPA)
Roger S. Holmes, Kimberly D. Spradling-Reeves et Laura A. Cox
La pyrophosphatase inorganique (PPA ; PPase) (EC : 3.6.1.1) est un membre de la famille des enzymes diphosphatases qui fonctionne comme une hydrolase diphosphate dans le cytoplasme (PPA1) et les mitochondries (PPA2) des tissus vertébrés. Les séquences et structures d'acides aminés de PPA1 et PPA2 ainsi que les emplacements des gènes de type PPA ont été examinés à l'aide de données bioinformatiques issues de plusieurs projets génomiques. Les alignements de séquences et les résidus d'acides aminés conservés clés ont également été étudiés (résidus de PPA2 humains identifiés) : le peptide signal mitochondrial (1-31) ; et les résidus du site actif responsables de la liaison Mg2+ (164Asp, 169Asp et 201Asp), de la liaison au substrat (127Arg) et servant de site donneur de protons (138Tyr). Les structures 2D et 3D prédites ont été identifiées pour les gènes PPA1 et PPA2 des vertébrés à l'aide de la structure PPA1 de levure rapportée (PDB : 1E9G). Les gènes PPA1 et PPA2 des vertébrés contenaient généralement 11 ou 12 exons codants, respectivement, avec un exon 1 étendu et un exon 3 supplémentaire observé pour les gènes PPA2 des vertébrés. Les sites de liaison des facteurs de transcription et CpG104 ont été identifiés dans le promoteur du gène PPA2 humain ; et MiR-590 pour le 3'UTR PPA2. Les analyses phylogénétiques ont suggéré qu'un gène PPA ancestral d'invertébré a subi un événement de duplication génique pour former 2 lignées distinctes d'évolution des gènes des vertébrés : PPA1 et PPA2.