Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Analyse génomique comparative de l'ADP-ribose-1′′-monophosphatase dans 19 écotypes d'Arabidopsis thaliana

Huifang Jiang, Haichao Wei, Chunyun Jiang, Wei Sun, Wen Dong, Nini Chen, Hui Zhang, Yanxiu Zhao et Zenglan Wang

L'ADP-ribose-1''-monophosphatase contenant le domaine A1pp ou MACRO est une enzyme de traitement importante dans les cellules, participant à l'épissage des procédures d'ARNt et catalysant l'ADP-ribose-1''-monophosphate en ADP-ribose. Nous avons identifié deux gènes, AT1G69340 et AT2G40600, chez Arabidopsis thaliana et avons découvert que, bien qu'il y ait de nombreuses différences dans les acides aminés, la structure spatiale de la région conservée était similaire. Nous avons également analysé la différence de séquence du promoteur, de la région codante et de la région non traduite en utilisant les données du génome entier de 19 écotypes et comparé l'expression des deux gènes dans différents tissus dans Col-0 et dans les plantules de 19 écotypes sur la base de données AtGenExpress et des données RNA-seq, respectivement. Nous avons trouvé que le même gène avait des profils d'expression différents dans certains écotypes et que les deux gènes avaient des profils d'expression similaires sauf dans les organes floraux et les graines selon les données de Col-0. Ces résultats impliquent que les mécanismes de régulation de l'expression de ces gènes ont changé dans ces écotypes pour les diversités des facteurs de transcription et des sites de liaison des facteurs de transcription. Surtout, notre recherche fournira des informations pour la description de la fonction du gène et des candidats écotypes utilisés pour étudier la fonction des gènes.