Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Analyse computationnelle de l'arbre phylogénétique basé sur la distance et les caractères pour les protéines de la capside du virus de l'herpès humain

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey et Amarpal Singh

Français La phylogénétique moléculaire est un aspect fondamental de l'analyse évolutive et dépend des méthodes basées sur la distance et les caractères. Dans cet article, nous comparons les protéines de la capside virale du HHV pour analyser la relation entre les protéines en utilisant des modèles de substitution, un modèle phylogénétique avec recherche exhaustive et des techniques ME. L'effet de la correction de Poisson avec paramètre de forme sur les arbres NJ et UPGMA est également analysé. Nous montrons par une simulation informatique approfondie que l'arbre phylogénétique est le reflet de la distance de substitution. L'effet de la méthode max-mini branch & bound et du modèle heuristique minimini et de la vraisemblance logarithmique associée à l'arbre basé sur les caractères est également discuté. Nous avons appliqué ML et MP pour une analyse parfaite de la relation entre les protéines. Nous concluons que les modèles de substitution, le paramètre de forme, le niveau de recherche et le SBL ont un rôle essentiel pour reconstruire l'arbre phylogénétique. L'étude de l'horloge moléculaire montre que la valeur du χ2 est plus élevée chez les protéines étroitement apparentées que chez celles qui sont éloignées.