Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Approche computationnelle pour identifier les peptides antigéniques de liaison au complexe majeur d'histocompatibilité de l'« ascaridiose »

Mishra S et Gomase contre

L'Ascaris lumbricoides provoque une « ascaridiose » chez l'homme et son élimination est la principale préoccupation publique. Dans cette étude actuelle, nous avons prédit les peptides de liaison du CMH (Complexe majeur d'histocompatibilité) de classe I et II avec une approche informatique comme les algorithmes PSSM (Position Specific Scoring Matrices) et SVM (Support Vector Machine). Nous prédisons que les liants peptidiques de la protéine Cytochrome b (mitochondrie) de la séquence d'Ascaris lumbricoide aux molécules du CMH-I sont les suivants : 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db. L'étude intègre également la prédiction de la liaison du peptide du CMH de classe I, du clivage du terminal C du protéasome et de l'efficacité du transport TAP en utilisant la séquence et les propriétés des acides aminés. Nous avons également trouvé la liaison des peptides à différents allèles en utilisant la matrice de notation spécifique de position. Cytochrome B d'Ascaris lumbricoides (365 résidus de long) avec 357 nonamères ayant des peptides de liaison antigéniques au CMH. Le serveur basé sur PSSM prédira les liants peptidiques de la séquence aux molécules MHCII comme I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7, qui se trouvent dans la région des épitopes antigéniques du cytochrome B d'Ascaris lumbricoides. Cette étude peut être utile dans la conception rationnelle de vaccins et simultanément accroître la compréhension du rôle du système immunitaire contre les antigènes.