Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Identification, caractérisation et analyse informatiques des miARN conservés et de leurs cibles chez Amborella Trichopoda

Hajieghrari B, Farrokhi N, Goliaei B et Kavousi K

Les microARN (miARN) sont des petits ARN endogènes non codants monocaténaires d'environ 22 nucléotides, qui sont directement impliqués dans la régulation de l'expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. Les miARN jouent un rôle clé dans le développement et la réponse aux stress biotiques et abiotiques. Les recherches d'homologie permettent l'identification de nouveaux miARN en raison de leur conservation relativement élevée dans les espèces végétales. Ici, des miARN ont été identifiés pour Amborella trichopoda. Les miARN végétaux connus et uniques de miRBase ont été recherchés par BLAST par rapport à l'étiquette de séquence exprimée (EST) et à la séquence d'enquête génomique (GSS) chez A. trichopoda. Toutes les séquences candidates avec une structure de repli appropriée ont été examinées par une série de critères de filtrage des miARN. Enfin, nous avons identifié et analysé la conservation de 5 miARN potentiellement conservés appartenant à 5 familles de gènes de miARN provenant d'EST ainsi que de 82 miARN nouvellement identifiés dépendant de 39 familles de miARN provenant de GSS. Les gènes cibles potentiels des miRNA identifiés ont été identifiés sur la base de leurs complémentarités de séquences avec les miRNA respectifs en utilisant psRNATarget contre l'attribution d'échafaudages de séquences du génome d'A. trichopoda. Au total, 1219 sites cibles dans le génome d'A. trichopoda ont été identifiés. Parmi eux, 941 (77,19 %) étaient censés faire l'objet d'un clivage des miRNA et 278 (22,81 %) échafaudages étaient régulés via la répression traductionnelle de l'ARNm. Parmi les miRNA prédits, 18 n'avaient pas de séquence cible dans A. trichopoda.