Biochimie & Biochimie Analytique

Abstrait

Simulations d'amarrage et de dynamique moléculaire de la réductase MurB de Legionella pneumophila pour la conception d'inhibiteurs potentiels

Vani Priyadarshini, Dibyabhaba Pradhan, Manne Munikumar, Amineni Umamaheswari, D Rajasekhar et PVLN Srinivasa Rao

Legionella pneumophila est l'organisme responsable de la légionellose, de la pneumonie et de l'endocardite prothétique potentiellement mortelle. La réductase MurB, l'une des enzymes importantes pour la biosynthèse du peptidoglycane, un composant de la paroi cellulaire, a été identifiée comme une cible médicamenteuse courante contre les agents pathogènes bactériens responsables de l'endocardite infectieuse, notamment Legionella pneumophila. La réductase MurB avec FAD agit comme cofacteur et catalyse la réduction dépendante du NADPH de l'UDP-N-acétylénolpyruvylglucosamine (UDP-GlcNAcEP) en acide UDP-N-acétylmuramique. Dans la présente étude, 360 structures analogues de FAD ont été amarrés à la réductase MurB de Legionella pneumophila en utilisant le protocole séquentiel de Glide v5.7 mis en œuvre dans le flux de travail de criblage virtuel de Maestro v9.2. Parmi les sept pistes obtenues par analyse d'amarrage, seule la piste1 (XPGscore -13,27 Kcal/mol) s'est avérée avoir une meilleure affinité de liaison envers la réductase MurB par rapport au cofacteur FAD (XPGscore -13,25 Kcal/mol). Les interactions au niveau moléculaire du complexe d'amarrage MurB réductase-plomb1 ont montré une bonne corrélation avec le complexe MurB réductase-FAD. De plus, des simulations de dynamique moléculaire pour le complexe d'amarrage MurB réductase-plomb1 ont été réalisées à l'aide de Desmond v3.0 pour faire la lumière sur la dynamique naturelle du complexe d'amarrage en solution sur différentes échelles de temps . Les simulations de dynamique moléculaire du complexe MurB réductase-plomb1 ont montré la nature stable des interactions d'amarrage.