Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Modifications dynamiques de la composition du microbiome et des potentiels fonctionnels génomiques dans la mammite bovine

M. Nazmul Hoque, Munawar Sultana, M. Anwar Hossain*

Nous fournissons une mini revue de l'étude publiée précédemment intitulée « Microbiome Dynamics of Bovine Mastitis Progression and Genomic Determinants », dans laquelle nous avons rapporté les changements dynamiques possibles dans les compositions du microbiome favorisés par leurs potentiels fonctionnels génomiques dans différents états physiopathologiques de la mammite bovine. En utilisant l'approche de pointe du séquençage du métagénome entier (WMS), nous avons signalé une variation distincte de la composition et de l'abondance du microbiome dans les métagénomes de la mammite clinique (CM), de la mammite clinique récurrente (RCM), de la mammite subclinique (SCM) et du lait sain (H) (CM>H>RCM>SCM). Les bactéries étaient le domaine microbien prédominant (abondance relative> 99,0 %), suivies des archées et des virus. Les changements dynamiques dans la composition des bactériomes dans les quatre métagénomes étaient numériquement dominés par l'inclusion à 67,19 % de souches opportunistes non signalées auparavant dans les métagénomes de la mammite. Cette étude a également signalé la distribution unique et partagée des microbiomes dans ces métagénomes. Outre la composition et la diversité du microbiome, l'étude a signalé l'association de plusieurs gènes associés aux facteurs de virulence (VFG) et de gènes de résistance aux antibiotiques (AGR) dans les microbiomes CM, RCM, SCM et H. L'annotation fonctionnelle a détecté plusieurs voies métaboliques liées à différents épisodes de mammite. Par conséquent, les données publiées ont révélé que les changements dans la composition du microbiome dans différents types de mammite, l'évaluation simultanée des VFGS, des ARG et des potentiels fonctionnels génomiques peuvent contribuer à développer des diagnostics et des thérapies basés sur le microbiome pour la mammite, et ont des implications importantes pour réduire les retombées économiques de cette maladie