Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Evolution de l'épigénétique et remplacement des histones : changements évolutifs chez Drosophila H2AvD

Yoshinori Matsuo

Les changements évolutifs des gènes H2A et H2AvD de Drosophila, qui codent les histones, ont été analysés à l'aide des séquences de 12 espèces de Drosophila pour comprendre l'évolution du remplacement des histones et de l'épigénétique. Le gène Ball, codant pour une histone thréonine kinase, était situé tête-à-tête avec le gène H2AvD dans sept espèces de Drosophila. Une séquence d'ADN fortement conservée a également été trouvée dans la région en amont du gène H2AvD ; cette séquence est très probablement un signal transcriptionnel, car la séquence était également conservée dans quatre autres espèces de Drosophila qui n'avaient pas de gène Ball en amont. Le gène SPARC, codant pour un domaine de liaison au calcium, était situé queue-à-queue dans la région en aval du gène H2AvD dans 11 espèces de Drosophila étudiées. Une séquence d'ADN modérément conservée a été trouvée dans la région du gène H2AvD au niveau du site d'épissage du premier intron. Des codons différents ont été utilisés pour les gènes H2A et H2AvD pour 11 des 17 acides aminés, et des codons caractéristiques des histones de remplacement (H2AvD, H4r, H3.3A et H3.3B) ont été utilisés pour les acides aminés. L'utilisation des codons était considérablement différente sur plusieurs sites de modification des histones dans le gène H2A. Ces résultats suggèrent que, contrairement aux gènes H3.3 et H4r, non seulement le contrôle post-transcriptionnel, mais aussi le contrôle transcriptionnel ont joué un rôle dans le gène H2AvD. En plus des contrôles post-transcriptionnels, tels que l'épissage et la traduction, le développement d'un système de contrôle de la transcription a dû se produire au cours de l'évolution du remplacement des histones et des systèmes épigénétiques.