Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Analyse du niveau d'expression génétique et de l'enrichissement des ensembles de gènes des gènes hôtes

Yosuke Kondo et Satoru Miyazaki

L'analyse du génome entier a montré qu'il existe des ARN non codants pour les protéines (ARNnc) qui sont localisés dans les régions introniques des gènes codants pour les protéines. Les ARNnc introniques sont hébergés dans les introns des gènes codants pour les protéines, appelés gènes hôtes. Notre étude précédente a rapporté les caractéristiques génomiques des gènes ARNnc introniques et des gènes hôtes. Cependant, les caractéristiques transcriptomiques des gènes hôtes n'ont pas été étudiées. Nous rapportons ici l'analyse du niveau d'expression des gènes hôtes et étudions les fonctions biologiques des gènes hôtes. Nos résultats ont montré que les niveaux d'expression des gènes hôtes ont tendance à être plus élevés que ceux des gènes non hôtes. Les gènes hôtes orthologues entre l'homme et la souris ont des niveaux d'expression plus conservés que les gènes orthologues non hôtes. Et les gènes hôtes avec des niveaux d'expression élevés impliquent le système nerveux, l'expression des gènes, la modification des protéines et le cytosquelette alors qu'il n'y avait généralement pas de fonctions biologiques enrichies dans les gènes hôtes avec de faibles niveaux d'expression. Ces résultats suggèrent que les gènes hôtes ont une quantification de transcription et des fonctions biologiques caractéristiques. Ces caractéristiques peuvent être utiles pour une analyse plus approfondie des modes de régulation de l’expression des gènes de l’hôte.