Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Exploration génomique et analyse génomique comparative de cinq staphylocoques à coagulase négative (SNC) isolés du côlon et de la vésicule biliaire humains

Ramesan Girish Nair, Gurwinder Kaur, Indu Khatri, Nitin Kumar Singh, Sudeep Kumar Maurya, Srikrishna Subramanian, Arunanshu Behera, Divya Dahiya, Javed N Agrewala et Shanmugam Mayilraj

Les staphylocoques à coagulase négative (SNC) sont connus pour provoquer différents types d'infections chez l'homme, comme l'endocardite et les infections des voies urinaires (IVU). Étonnamment, il existe un manque de données d'analyse génomique dans la littérature contre les SNC, en particulier d'origine humaine. À la lumière de cela, nous avons effectué une exploration génomique et une analyse génomique comparative des souches de SNC Staphylococcus cohnii subsp. cohnii souche GM22B2, Staphylococcus equorum subsp. souche equorum G8HB1, Staphylococcus pasteuri souche BAB3 isolée de la vésicule biliaire et Staphylococcus haemolyticus souche 1HT3, Staphylococcus warneri souche 1DB1 isolée du côlon. Français Nous avons identifié 29 % de déterminants de virulence partagés dans les souches du SNC qui impliquaient la résistance aux antibiotiques et aux composés toxiques, aux bactériocines et aux peptides synthétisés par les ribosomes, l'adhésion, l'invasion, la résistance intracellulaire, les régions de prophage, les îlots de pathogénicité. 10 facteurs de virulence uniques impliqués dans l'adhésion, la régulation transcriptionnelle négative, la résistance au cuivre et au cadmium, la maturation des phages étaient également présents dans nos souches. Outre la comparaison de l'homologie du génome, de la taille et de la teneur en G + C, nous avons également montré la présence de 10 gènes CRISPR-cas différents dans les souches du SNC. De plus, l'annotation basée sur KAAS a révélé la présence de gènes du SNC dans différentes voies impliquées dans les maladies humaines. En conclusion, cette étude est une première tentative de dévoiler la pathonomique du SNC isolé de deux organes corporels distincts et souligne l'importance du SNC en tant qu'agents pathogènes émergents du secteur des soins de santé.