Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Extraction du génome du riz ( Oryza sativa subsp. indica ) pour la détection et la caractérisation de longues séquences palindromiques

Elmira Katanchi Kheiavi, Asadollah Ahmadikhah et Ali Mohammadian Mosammam

Français Étant donné que le génome du riz a été entièrement séquencé, la recherche de caractéristiques spécifiques à l'échelle du génome est d'une grande importance pour l'étude de l'évolution du génome et les applications ultérieures. Les séquences palindromiques sont des motifs d'ADN importants impliqués dans la régulation de différents processus cellulaires et sont une source potentielle d'instabilité génétique. Une approche d'exploration du génome a été appliquée pour détecter et caractériser les longues séquences palindromiques dans le génome du riz. Tous les palindromes, définis comme des répétitions inversées identiques avec de l'ADN espaceur, ont pu être analysés et triés en fonction de leur fréquence, de leur taille, de leur contenu en GC, de leur indice de compacité, etc. Les résultats ont montré que la fréquence globale des palindromes est élevée dans le génome du riz (près de 51 000 palindromes), qui couvrent totalement 41,4 % du génome nucléaire du riz, le nombre le plus élevé et le plus faible de palindromes appartenant respectivement aux chromosomes 1 et 12. Le nombre de palindromes pourrait bien expliquer l'expansion des chromosomes du riz (R2> 92 %). Français La teneur moyenne en GC des séquences palindromiques est de 42,1 %, ce qui indique la richesse en AT et donc la faible complexité des séquences palindromiques. Les résultats ont également montré différents indices compacts de palindromes dans différents chromosomes (43,2 par cM dans le chromosome 8 et 34,5 par cM dans le chromosome 3, comme étant respectivement le plus élevé et le plus bas). L'analyse de colocalisation a montré que plus de 20 % des gènes du riz chevauchaient des régions palindromiques, se concentrant principalement sur les bras chromosomiques. Sur la base des résultats de cette recherche, on peut conclure que le génome du riz est riche en longues séquences palindromiques qui ont déclenché la plupart des variations au cours de l'évolution. En général, les deux sections de séquences palindromiques, y compris les tiges et les boucles, sont riches en AT, ce qui indique que ces régions se situent dans les segments de faible complexité des chromosomes du riz.