Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

L'analyse à l'échelle du génome des réponses inflammatoires et anti-inflammatoires aiguës dans les cellules RAW264 suggère des éléments cis associés à la régulation de la traduction

Hiroaki Sako et Katsuhiko Suzuki

La régulation de la traduction joue un rôle essentiel dans la médiation des réponses inflammatoires. Les glucocorticoïdes, représentés dans cette étude par la dexaméthasone (DEX), sont des agents anti-inflammatoires largement reconnus qui exercent des effets inhibiteurs significatifs sur la traduction de divers groupes de gènes, y compris les gènes inflammatoires. Cependant, leur régulation est très complexe et diversifiée, impliquant une régulation transcriptionnelle et traductionnelle. Bien que la régulation transcriptionnelle ait été étudiée par des analyses du transcriptome à l'échelle du génome, la régulation traductionnelle n'a été étudiée que par quelques cibles géniques spécifiques (par exemple, le facteur de nécrose tumorale) et l'impact global des glucocorticoïdes sur les niveaux de traduction a été peu étudié, principalement en raison de sa difficulté technique. Ici, en utilisant le profilage des ribosomes couplé au séquençage d'ARNm à haut débit (ARNm-Seq) dans lequel les empreintes des ribosomes en traduction peuvent être capturées, nous avons mené une analyse transcriptionnelle et translationnelle à l'échelle du génome des réponses inflammatoires ou anti-inflammatoires aiguës des cellules RAW264 stimulées par le lipopolysaccharide (LPS) ou le LPS couplé au DEX (LPS + DEX). Nous avons montré que la majorité de la régulation différentielle entre le LPS seul et le LPS + DEX était prédominée par les niveaux de traduction plutôt que par les niveaux de transcription. Une analyse plus approfondie des groupes de gènes régulés à la hausse et à la baisse a révélé des éléments régulateurs cis putatifs exclusivement enrichis dans le 3'-UTR des gènes régulés à la hausse ou à la baisse induits par le LPS + DEX. Les résultats impliquent une alternative aux mécanismes actuellement reconnus de régulation traductionnelle induite par les glucocorticoïdes dans la réponse inflammatoire aiguë des cellules RAW264.