Biochimie & Biochimie Analytique

Abstrait

Analyse relative à l'échelle du génome du biais d'utilisation des codons et du modèle de contexte des codons dans les bactéries Salinibacter Ruber, Chromohalobacter Salexigens et Rhizobium Etli

Mohammad Samir Farooqi, DC Mishra, Niyati Rai, DP Singh, Anil Rai, KK Chaturvedi, Ratna Prabha et Manjeet Kaur

Le codon est l'unité de base pour la transmission des messages biologiques lors de la synthèse des protéines dans un organisme. Le biais d'utilisation des codons est une utilisation préférentielle parmi les codons synonymes, dans un organisme. Cette utilisation préférentielle d'un codon synonyme a été trouvée non seulement parmi les espèces, mais se produit également parmi les gènes au sein du même génome d'une espèce. Cette variation des modèles d'utilisation des codons est contrôlée par des processus naturels tels que la mutation, la dérive et la pression. Dans cette étude, nous avons utilisé des techniques informatiques et statistiques pour trouver le biais d'utilisation des codons et le modèle de contexte des codons de Salinibacter ruber (halophile extrême), Chromohalobacter salexigens (halophile modéré) et Rhizobium etli (non halophilique). En plus de cela, la variation de composition dans la fréquence des acides aminés traduits, le nombre effectif de codons et les codons optimaux ont également été étudiés. Un graphique de ENc par rapport aux GC3 suggère que le biais de mutation et la sélection translationnelle contribuent à ces différences de biais de codon. Cependant, le biais de mutation est la force motrice des schémas d'utilisation des codons synonymes chez les bactéries halophiles (Salinibacter ruber et Chromohalobacter salexigens) et la sélection translationnelle semble affecter le schéma d'utilisation des codons chez les bactéries non halophiles (Rhizobium etli). L'analyse de correspondance de l'utilisation relative des codons synonymes a révélé différents groupes de gènes variant en nombre dans les bactéries étudiées. De plus, le schéma de contexte des codons était également variable chez ces bactéries. Ces résultats indiquent clairement la variation du schéma d'utilisation des codons dans ces génomes bactériens.