Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Modélisation par homologie des séquences d'acides aminés rbcL conservées dans la famille des légumineuses

Sagar S Patel, Megha B Vaidya et Dipti B Shah

Cette étude se concentre sur la modélisation de l'homologie de quelques espèces de la famille des légumineuses que l'on trouve dans l'État du Gujarat, en INDE. La famille des légumineuses comprend trois sous-familles : les Fabacées (Papilionacées), les Caesalpiniacées et les Mimosacées. L'alignement de séquences multiples a été effectué à partir des séquences protéiques rbcL de quelques espèces dans chaque sous-famille et les acides aminés conservés ont été pris en compte pour la modélisation de l'homologie. Les protéines apparentées sur le plan évolutif ont des séquences similaires et les protéines homologues naturelles ont une structure protéique similaire. Il a été démontré que la structure tridimensionnelle des protéines est plus conservée sur le plan évolutif que ce à quoi on pourrait s'attendre sur la seule base de la conservation des séquences ; nous avons constaté qu'il existe peu d'acides aminés qui sont communs avec les mêmes paires de bases dans chaque sous-famille, même s'ils appartiennent à des genres différents. Il n'y a pas de structure protéique disponible des acides aminés conservés dans la base de données PDB de notre étude, nous avons donc effectué une modélisation d'homologie de trois séquences de protéines rbcL (une de chaque sous-famille) qui se trouvent conservées dans l'alignement de séquences multiples et la validation de la structure avec Ramachandran Plot a été réalisée et le serveur CASTp a été utilisé pour découvrir les sites actifs dans la structure protéique prédite et enfin la fonction de chaque protéine prédite rapportée après cette modélisation d'homologie de quelques séquences d'acides aminés rbcL conservées dans la famille des légumineuses.