Biochimie & Biochimie Analytique

Abstrait

Human.miRFFL.DB : une ressource organisée pour les réseaux de corégulation des miRNA humains et les circuits régulateurs associés

Pankaj Khurana*, Rajeev Varshney, R Sugadev

La régulation des gènes est considérée comme un processus complexe dans lequel les éléments régulateurs et leurs cibles forment des interactions de réseau très complexes affectant ainsi la physiologie biologique normale ainsi que l'initiation et la progression des maladies. Les facteurs de transcription (TF) et les microARN (miARN) sont des régulateurs transcriptionnels et post-transcriptionnels fondamentaux de l'expression des gènes contrôlant d'importants processus biologiques. Ces dernières années, de nombreuses études à haut débit ont révélé que les interactions régulatrices complexes sont médiées par l'interaction complexe entre les miARN et les TF régulant un gène cible (TG) en conjonction. Les miARN et les TF sont également connus pour se réguler mutuellement. Ce mécanisme de corégulation complexe peut être représenté sous la forme d'un réseau de corégulation miARN:TF:TG. Ce réseau peut être utilisé pour identifier plusieurs petits sous-graphes récurrents appelés circuits de régulation. L'un de ces circuits de régulation, également appelé boucles de rétroaction (FFL), est un modèle à trois nœuds composé d'un miARN et d'un TF, dont l'un régule l'autre et les deux régulent conjointement un TG. Ces circuits régulateurs se sont avérés utiles pour élucider l’interaction complexe de la régulation des gènes dans de nombreuses conditions physiologiques et pathologiques.

Human.miRFFL.DB est une ressource intégrée complète pour les réseaux corégulateurs dirigés miRNA:TF:TG humains et leurs circuits régulateurs associés. Des scripts internes basés sur le principe de la théorie des graphes ont été utilisés pour identifier les deux types de motifs FFL, c'est-à-dire miRNA-FFL et TF-FFL. La base de données fournit en outre une visualisation interactive des réseaux corégulateurs et des FFL associés. Human.miRFFL.DB peut être utilisé comme une référence complète et prête à l'emploi pour les réseaux corégulateurs miRNA:TF:TG humains et les FFL associés pour décrypter les interactions cellulaires complexes de ces biomolécules régulatrices. Human.miRFFL.DB est disponible en ligne à l'adresse http://mirffldb.in/human/