Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Prédiction fonctionnelle in silico et analyse de l'expression en réponse au stress dû à la sécheresse de la famille de gènes de la protéine macrophage associée à la résistance naturelle ( NRAMP ) chez le maïs

MD Golam Rabby, MD Mostafa Kamal, MD Sakib Hasan, MD Mossabbir Hossain, MD Numan Islam*

Les protéines macrophages associées à la résistance naturelle ( NRAMP ) fonctionnent dans les plantes comme des transporteurs de transition métallique pour maintenir l'homéostasie métallique. L'identification à l'échelle du génome et la prédiction fonctionnelle des NRAMP du maïs n'ont pas encore été étudiées. L'analyse du génome a identifié sept protéines (ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP3, ZmNRAMP4, ZmNRAMP5, ZmNRAMP6, ZmNRAMP7 ) dans le maïs avec un poids moléculaire de 29,08 ( ZmNRAMP2 ) à 63,20 ( ZmNRAMP5 ) kDa. À l'exception de ZmNRAMP1 et ZmNRAMP3, toutes les ZmNRAMP sont des protéines essentielles (points isoélectriques supérieurs à 7). Le nombre d'introns dans les ZmNRAMP varie de 1 à 13, ce qui est presque cohérent parmi les groupes phylogénétiques (A et B) entre le maïs et Arabidopsis. Toutes les protéines ont montré des motifs multiples (allant de 6 à 10) qui étaient cohérents entre les groupes entre le maïs et l'Arabidopsis. Nous avons également réalisé des domaines transmembranaires, des éléments cis-régulateurs, une cartographie chromosomique et une annotation de l'ontologie génétique qui ont révélé des attributs fonctionnels significatifs. Une expression significativement accrue des ZmNRAMP ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2 et ZmNRAMP4 ) dans les tissus végétatifs et reproducteurs peut jouer un rôle essentiel dans l'absorption, le transport et l'homéostasie des métaux lourds. En cas de stress hydrique, une régulation positive significative des cc ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP4 et ZmNRAMP7 ) peut jouer un rôle dans la tolérance à la sécheresse ou l'acclimatation du maïs.