Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Analyse basée sur Imex des séquences répétées dans les génomes de flavivirus , y compris le virus de la dengue

Chaudhary Mashhhood Alam, Asif Iqbal, Babita Thadari et Safdar Ali

Les répétitions de séquences simples (SSR), également appelées microsatellites, sont des motifs répétés de 1 à 6 nucléotides, présents dans un nombre variable d'itérations, dans les régions codantes et non codantes des procaryotes, des eucaryotes et des virus. La présente étude se concentre sur les répétitions de séquences simples (SSR) dans 27 génomes de Flavivirus, dont le virus de la dengue. La génomique virale comparative à la lumière des SSR nous aiderait à comprendre la diversité et l'adaptabilité à de nouveaux hôtes. Au total, 1164 SSR et 53 cSSR ont été découverts dans les 27 génomes étudiés. Le mononucléotide A était le motif répété le plus répandu avec une distribution moyenne d'environ 6. Il était suivi par G (distribution moyenne de 2). Parmi les dinucléotides, le motif répété AG/GA était le plus répandu avec une distribution moyenne de 14 dans les génomes étudiés. Les génomes des Flavivirus ne présentent pas deux caractéristiques essentielles responsables de l'évolution du génome, le motif de répétition de dinucléotides AT/TA (le moins représenté avec une distribution moyenne d'environ 0,5) et le cSSR dans les régions non codantes, ce qui suggère un génome stable ou une évolution par des mécanismes jusqu'ici inexpliqués. La découverte de séquences conservées dans les isolats du virus de la dengue suggère une base pour le développement de biomarqueurs pour le diagnostic viral.