Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Modélisation et simulation moléculaires de la stomatine humaine et prédictions de son association membranaire

Yosuke Kondo, Hideshi Yokoyama, Ikuo Matsui et Satoru Miyazaki

La stomatine est une protéine membranaire des globules rouges humains. La structure cristalline, dans laquelle la stomatine monomérique de l'archée hyperthermophile Pyrococcus horikoshii est constituée du domaine α/β et du segment α-hélicoïdal C-terminal, forme un homo-trimère, et la stomatine est organisée en d'autres complexes homo-oligomériques d'ordre élevé, comprenant 9 à 12-mères. Pour mieux comprendre les fonctions moléculaires de la stomatine, l'hypothèse selon laquelle la stomatine humaine s'oligomérise et est associée aux membranes cellulaires doit être validée. Nous rapportons ici les conformations qui peuvent être générées à partir de la structure de la stomatine en estimant la flexibilité des segments α-hélicoïdaux de la stomatine humaine. Nous simulons également la manière dont la structure oligomérique de la stomatine humaine interagit avec les membranes cellulaires. Les résultats ont montré que les segments α-hélicoïdaux peuvent effectuer des mouvements flexibles ; Le segment hélicoïdal α et le domaine α/β du monomère peuvent former une structure plate, et les segments hélicoïdaux α du trimère peuvent s'approcher des membranes lipidiques. Sur la base de la structure plate de la stomatine humaine, nous avons proposé un modèle oligomérique hypothétique pour interagir avec la surface des membranes cellulaires. Le modèle oligomérique explique bien les fonctions de la stomatine en tant que protéine d'échafaudage pour soutenir la membrane cellulaire.