Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Motif de conception pour les nitrilases

Nikhil Sharma et Tek Chand Bhalla

La nitrilase est l'une des enzymes métabolisant les nitriles qui catalyse la conversion des nitriles en acides correspondants, ce qui a pris de l'importance en chimie verte. La nitrilase étant spécifique du substrat mais agissant sur une large gamme de nitriles (aliphatiques/aromatiques), elle a attiré l'attention en raison de son utilité dans l'hydrolyse douce. La plupart des nitrilases rapportées jusqu'à présent ont été physiquement extraites et caractérisées à partir de sources microbiennes/végétales. Afin d'identifier les séquences des nitrilases, deux groupes de motifs ont été conçus, à savoir les motifs de nitrilase aliphatique (MDMAl) et les motifs de nitrilase aromatique (MDMAr), chacun avec quatre motifs appartenant spécifiquement à la nitrilase avec une triade catalytique conservée (Glu-48, Lys-131, Cys-165) qui peut être utilisée comme marqueur pour la nitrilase. Les régions conservées ont été identifiées en effectuant un alignement de séquences multiples (MSA) à l'aide de la méthode EM multiple pour l'élicitation de motifs (MEME). Les motifs conçus manuellement (MDM) ont été validés par ScanProsite et leur présence est également confirmée par PRATT, Gblocks et MEME. La recherche ScanProsite contre le MDMAr a révélé de nouvelles sources de nitrilase aromatique provenant de plantes, d'animaux et de microbes, tandis que le MDMAl n'a présenté que de la nitrilase provenant de microbes. Outre l'identification de motifs uniques afin de confirmer leur spécificité de substrat pour les nitriles, des séquences sélectionnées au hasard ont été validées en étudiant certains paramètres physico-chimiques importants et des acides aminés spécifiques à la position.