Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Algorithme NW et modélisation ANFIS sur la similarité d'alignement de la protéine de capside triplex du virus de l'herpès simplex humain

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey et Amarpal Singh

La similarité optimale des séquences des protéines de la capside triplex du virus de l'herpès simplex humain (HHV) est un problème bioinformatique complexe, contrôlé par des algorithmes d'alignement, une matrice de substitution, une pénalité d'écart et une extension d'écart. Un choix précis de la matrice de mutation est nécessaire pour optimiser la similarité d'alignement et l'approche informatique appropriée requise pour la recherche de similarité. Le présent article utilise l'approche du système d'inférence neuro-floue adaptatif (ANFIS) pour modéliser et simuler la similarité d'alignement pour les matrices de substitution PAM et Blosum. La matrice de mutation et les séquences de HHV-I et HHV-II ont été prises comme paramètres d'entrée du modèle. Le modèle est la combinaison de l'inférence floue, du réseau neuronal artificiel et de l'ensemble de règles floues a été développé directement à partir d'une analyse informatique à l'aide de l'algorithme NW. L'approche de modélisation proposée est vérifiée en comparant les résultats attendus avec les résultats pratiques observés obtenus par analyse informatique dans des conditions spécifiques. L'application du test ANFIS montre que la matrice de substitution prédite par un modèle proposé est entièrement en accord avec les valeurs expérimentales à un niveau de signification de 0,5 %.