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Abstrait
PGR : un nouveau référentiel graphique de structures 3D de protéines
Wajdi Dhifli et Abdoulaye Baniré Diallo*
La théorie des graphes et l'exploration de graphes constituent des domaines riches de techniques informatiques pour étudier les structures, les topologies et les propriétés des graphes. Ces techniques constituent un atout précieux en bioinformatique s'il existe des méthodes efficaces pour transformer les données biologiques en graphes. Dans cet article, nous présentons Protein Graph Repository (PGR), une nouvelle base de données de structures 3D de protéines transformées en graphes permettant l'utilisation du large répertoire de techniques de théorie des graphes dans l'exploration de protéines. Ce référentiel contient des représentations graphiques de toutes les structures 3D de protéines actuellement connues décrites dans la Protein Data Bank (PDB). PGR fournit également un convertisseur en ligne efficace de structures 3D de protéines en graphes, une description biologique et basée sur des graphes, des attributs et des statistiques de graphes de protéines pré-calculés, une visualisation de chaque graphe de protéines, ainsi qu'un outil de recherche de similarité de protéines basé sur des graphes. Ce référentiel présente un enrichissement des bases de données en ligne existantes qui aidera à combler le fossé entre l'exploration de graphes et l'analyse de la structure des protéines. Les données et les caractéristiques de PGR sont uniques et ne sont incluses dans aucune autre base de données de protéines. Le référentiel est disponible sur http://wjdi.bioinfo. uqam.ca/