Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Fonctionnalité prédictive des bactéries dans les produits laitiers naturellement fermentés en Inde à l'aide des pipelines PICRUSt2 et Piphillin

H. Nakibapher Jones Shangpliang, Jyoti Prakash Tamang*

Les produits à base de lait naturellement fermenté (NFM) sont des mets populaires dans les États indiens du Sikkim et de l'Arunachal Pradesh. Les communautés bactériennes de ces produits NFM d'Inde ont été précédemment analysées par la méthode de séquençage à haut débit. Cependant, la fonctionnalité génétique prédictive des produits NFM d'Inde n'a pas été étudiée. Dans cette étude, les séquences brutes des produits NFM du Sikkim et de l'Arunachal Pradesh ont été consultées à partir du serveur de base de données MG-RAST/NCBI. Les outils PICRUSt2 et Piphillin ont été appliqués pour étudier la prédiction des gènes fonctionnels microbiens. Les KO normalisés par MUSiCC et les voies KEGG cartographiées à partir de PICRUSt2 et de Piphillin ont donné lieu à un pourcentage plus élevé du premier par rapport au second. Bien que les caractéristiques fonctionnelles aient été comparées à partir des deux pipelines, il existait cependant des différences significatives entre les prédictions. Par conséquent, une présentation consolidée des deux algorithmes a présenté une perspective globale des profils fonctionnels prédictifs associés au microbiote des produits NFM de l'Inde.