Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Classement des génomes procaryotes en fonction de la maximisation du tri des longueurs de gènes

Bolshoy A, Salih B, Cohen I et Tatarinova T

La façon dont les variations de longueur des gènes (certains gènes deviennent plus longs que leurs prédécesseurs, tandis que d'autres gènes deviennent plus courts et les tailles de ces factions sont différentes de manière aléatoire d'un organisme à l'autre) dépendent de l'évolution et de l'adaptation des organismes reste une question ouverte. Nous proposons de classer les génomes en fonction de la longueur de leurs gènes, puis de trouver une association entre le rang du génome et diverses propriétés, telles que la température de croissance, la composition en nucléotides et la pathogénicité. Cette approche révèle des facteurs déterminants de l'évolution. L'objectif principal de cette étude est de tester l'efficacité et la robustesse de plusieurs méthodes de classement. La méthode d'évaluation choisie consiste à mesurer le tri global des données. Nous avons démontré que toutes les méthodes considérées donnent des résultats cohérents et que le tri à bulles et le recuit simulé atteignent le tri le plus élevé. De plus, le tri à bulles est considérablement plus rapide que la méthode du recuit simulé.