Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Graphique de suffixes - Une approche efficace pour l'exploration de motifs de réseau

Rahul Nikam et Usha Chauhan

Le motif de réseau est un modèle d'interconnexions se produisant dans un réseau complexe en nombre significativement plus élevé que celui d'un réseau randomisé similaire. Le principe de base de la recherche de motifs de réseau réside dans la capacité à calculer la fréquence des sous-graphes. Afin de découvrir un motif de réseau, il faut calculer un recensement de sous-graphes sur le réseau d'origine qui calcule la fréquence de tous les sous-graphes d'un certain type. Il est ensuite nécessaire de calculer la fréquence d'un ensemble de sous-graphes sur le réseau similaire randomisé. Le goulot d'étranglement de l'ensemble du processus de découverte de motifs est donc de calculer les fréquences des sous-graphes et c'est le problème de calcul central. Le travail proposé consiste à présenter le Suffix-Graph, une structure de données qui stocke efficacement les graphes et à concevoir un algorithme pour récupérer efficacement les sous-graphes qui détecte les motifs de réseau et les applique aux interactions transcriptionnelles chez Escherichia coli.