Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Variation complète de la séquence du génome mitochondrial et analyse phylogénétique du mûrier

Guo Liangliang, Shi Yisu, Wu Mengmeng, Michael Ackah, Qiang Lin, Weiguo Zhao*

Contexte : Le mûrier est une plante importante sur le plan économique, tolérante à diverses conditions environnementales. La plante (feuilles) est utilisée pour nourrir les vers à soie et pour l'aménagement paysager. Elle présente de grandes perspectives de développement et une grande valeur pour la recherche scientifique. Les mitochondries sont la centrale énergétique des plantes qui produit l'énergie nécessaire à la réalisation des processus vitaux.

Objectif : Le génome mitochondrial (mt) des plantes sert de centrale électrique qui produit l'énergie nécessaire aux processus vitaux des plantes. Cependant, le génome mitochondrial (mt) du mûrier reste encore inexploré. Cette étude a examiné le génome mitochondrial de Morus L ( M. atropurpurea et M. multicaulis ) et l'a comparé à celui d'autres espèces végétales.

Méthodes : Le génome mitochondrial de Morus L ( M. atropurpurea et M. multicaulis ) a été séquencé à l'aide d'Oxford Nanopore Prometh ION et les données ont été assemblées et analysées, puis comparées au génome mitochondrial d'autres plantes. Une analyse phylogénétique a été effectuée pour étudier l'état évolutif des plants de mûrier étudiés

Résultats : Le génome mt circulaire de M. multicaulis a une longueur de 361 546 pb, contient 54 gènes, dont 31 gènes codant pour des protéines, 20 gènes d'ARNt et 3 gènes d'ARNr et est composé de A (27,38 %), T (27,20 %), C (22,63 %) et G (22,79 %). D'autre part, le génome mt circulaire de M. atropurpurea a une longueur de 395 412 pb, comprend C+G (45,50 %), dont 57 gènes fonctionnels contenant 2 gènes d'ARNr, 22 gènes d'ARNt et 32 ​​PCG. Il existe des répétitions de séquences, un gène d'édition d'ARN et une migration de cp vers mt dans le génome mt de M. multicaulis et M. atropurpurea .

L'analyse phylogénétique basée sur les génomes mt complets de Morus et de 28 autres espèces reflète un statut évolutif et taxonomique exact.

Conclusion : Nous avons découvert que le génome mt de l'espèce Morus est circulaire, M. multicaulis ayant une longueur de 361 546 pb. 54 gènes, dont 31 gènes codant pour des protéines, 20 gènes d'ARNt et 3 gènes d'ARNr. De plus, M. atropurpurea avait une longueur de 395 412 pb. De plus, un total de 57 gènes contiennent 32 gènes codant pour des protéines, 22 gènes d'ARNt et 3 gènes d'ARNr ont été annotés dans le génome. Les résultats fourniront une compréhension complète du génome mt de Morus et pourraient aider aux études futures et à la sélection de variétés de mûriers.