Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Étudier les effets de l'injection de Shenqifuzheng (SFI) sur les micro-ARN dans les cellules dendritiques humaines

Yuwh H, Sze WH, Yip DMY, Cho SP, Boost WCS, Zhang MV, Fan Z, Ng K, Ng MCH, Yeung JWC, Hung A, H WH, Chong GSL et Lee RLP

Méthode : Cette étude a utilisé une approche en deux étapes. Nous avons d'abord utilisé une lignée cellulaire DC robuste pour identifier les miRNA qui pourraient être impliqués dans l'activation des DC ; puis nous avons confirmé en utilisant des DC dérivées de monocytes qui étaient plus proches des contextes physiologiques réels. La cellule THP-1, une lignée cellulaire de leucémie monocytaire humaine, s'est déjà avérée utile pour l'étude in vitro des DC. Dans cette étude, nous avons identifié un certain nombre de candidats potentiels de miRNA dans les DC activées par SFI en utilisant un réseau de microARN de 381 miRNA humains connus (Sanger miR Base, version 14). miR-22, miR-107 et miR-200a ont ensuite été sélectionnés parmi plus de 30 candidats potentiels de miRNA avec un changement d'expression relatif > 2 identifiés conformément aux preuves informatiques récupérées dans le pipeline de base de données d'annotation miR Base. Ces trois miRNA ont été examinés plus en détail pour tout changement d'expression dans une étude de confirmation utilisant les DC dérivées de monocytes (MDDC) à partir de cellules mononucléaires du sang périphérique de sujets normaux sains (n ​​= 7) par quantification par RT-PCR en temps réel. Ces résultats ont été corrélés avec les niveaux d'expression de HLA-DR et CD80 sur les MDDC à l'aide de la cytométrie de flux. Résultats : Les résultats de confirmation n'ont pas montré de régulation positive cohérente dans les expressions de miR22, miR107 et miR-200a en raison du SFI dans les sept échantillons de MDDC. De plus, les résultats des tests sur les MDDC après traitement par SFI dans deux dilutions différentes de 1/20 et 1/40 respectivement pendant 24 heures d'incubation ont également démontré des changements d'expression insignifiants de HLA-DR et CD80 (p> 0,05). Français De plus, la corrélation entre l'expression de trois mi-ARN et les niveaux d'expression de surface de HLA-DR et CD80 n'étaient pas statistiquement significatives pour les MDDC avec traitement de SFI dilué au 1/20 pendant 1 heure, de SFI dilué au 1/20 pendant 4 heures et de SFI dilué au 1/40 pendant 1 heure (p>0,05). Conclusions : Une expression accrue de miARN de miR-22, miR-107 et miR-200a n'a été trouvée que dans la lignée cellulaire de THP-1, mais n'a pas été démontrée de manière cohérente dans les MDDC de sept échantillons de sang périphérique humain. Ainsi, on ne sait pas si ces trois mi-ARN étaient vraiment des régulateurs épigénétiques importants pendant le processus de SFI sur DC ; et cela nécessitera davantage de recherches futures en utilisant plusieurs sources de DC authentiques.