Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Construction de cartes de variantes pour détecter les propriétés symétriques des génomes sur des distributions 2D

Jeffrey Zheng, Weiqiong Zhang, Jin Luo3, Wei Zhou1 et Veronica Liesaputra

Les méthodes de visualisation ont joué un rôle clé dans le projet génome humain. Après un développement ultérieur dans d'autres projets internationaux tels qu'ENCODE, un plus grand nombre de bases de données génomiques sont établies et des mesures massives de l'expression génétique à l'échelle du génome sont développées. Dans la situation actuelle, il est nécessaire de déplacer les cibles de la biologie cellulaire computationnelle de la collecte de données séquentielles vers une interprétation de plus haut niveau et l'exploration d'un mécanisme efficace de récupération basé sur le contenu des génomes. Les génomes des mammifères codent des milliers de grands ARN non codants (lncRNA), dont beaucoup régulent l'expression des gènes, interagissent avec les complexes régulateurs de la chromatine et sont censés jouer un rôle dans la localisation de ces complexes vers des loci cibles à travers le génome. En utilisant des outils de visualisation de dimension supérieure, leurs propriétés interactives complexes pourraient être organisées sous forme de différentes cartes visuelles. La construction de cartes variantes VMC en tant que schéma émergent est systématiquement proposée dans cet article pour appliquer plusieurs cartes qui utilisent quatre symboles Meta comme représentations d'ADN ou d'ARN. L'architecture système des composants clés et le mécanisme de base du VMC sont décrits. Les modules clés, les équations pertinentes et leurs paramètres d'E/S sont discutés. À l'aide du système VMC, deux ensembles de données ADN de plusieurs séquences réelles sont testés pour montrer leurs propriétés visibles dans des niveaux plus élevés de relations intrinsèques entre les séquences ADN pertinentes dans des cartes 2D. Les résultats visuels sont brièvement analysés pour explorer leurs propriétés intrinsèques et leurs caractéristiques symétriques sur les séquences génomiques pertinentes sous des cartes 2D de la construction de cartes variantes. Un ensemble d'exemples de cartes 2D est inclus et leurs caractéristiques sont illustrées dans divers environnements contrôlables.