Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Visualisation des données génomiques à haut débit à l'aide de R et de Bioconductor

Ruchi Yadav et Prachi Srivastava

Les puces à ADN sont une technologie qui vise à mesurer les niveaux d'ARNm dans des cellules ou des tissus particuliers pour de nombreux gènes simultanément. Les puces à ADN en biologie moléculaire génèrent d'énormes ensembles de données qui nécessitent une analyse informatique rigoureuse pour extraire des informations biologiques qui conduisent à une conclusion. De l'impression de la puce à puce à l'hybridation et au processus de numérisation, il en résulte une variabilité dans la qualité des données en raison de laquelle les informations réelles sont soit perdues, soit surreprésentées. L'analyse informatique joue un rôle important dans le traitement des informations biologiques intégrées dans les résultats des puces à ADN et dans la comparaison des résultats d'expression génétique obtenus à partir de différents échantillons dans différentes conditions pour l'interprétation biologique. Une tâche de base, mais difficile, est le contrôle de la qualité et la visualisation des données d'expression génétique des puces à ADN. L'une des plateformes les plus populaires pour l'analyse des puces à ADN est Bioconductor, un projet de logiciel open source et de développement ouvert pour l'analyse et la compréhension des données génomiques, basé sur le langage de programmation R. Cet article décrit les procédures spécifiques pour effectuer l'évaluation de la qualité de la puce génétique Affymetrix à l'aide des données de la base de données GEO GSE53890 et décrit les packages de contrôle qualité du bioconducteur avec référence aux tracés de visualisation pour une analyse détaillée. Cet article peut être utile à tout chercheur travaillant sur l'analyse de microarray pour l'analyse du contrôle qualité de la puce Affymetrix ainsi que pour les interprétations scientifiques.