Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Le séquençage de l'exome entier révèle une combinaison de variantes rares à forte et faible pénétration qui sont corrélées au risque relatif de cancer du sein familial

Ben Rekaya Mariem, Hamdi Yosr, El Benna Houda, Mejri Nessrine, Jaidane Olfa, Ayari Jihene, Ben Nasr Sonia, Dallali Hamza, Messaoud Olfa, Meddeb Rym, Mighri Najah, Boujemaa Maroua, Boubaker Mohamed Samir, Haddaoui Abderazek, Mrad Ridha, Boussen Hamouda, Abdelhak Sonia, Labidi Soumaya1

Objectif : Nous avons cherché à étudier et à identifier simultanément toutes les variantes pathogènes rares et courantes dans les cas de cancer du sein (CS) non apparentés.

Méthodes : Toutes les mutations fréquentes des gènes BRCA précédemment identifiées en Tunisie ont été exclues par séquençage Sanger chez 42 femmes atteintes d'un risque familial élevé ayant au moins 3 personnes apparentées atteintes de cancer. Deux cas non apparentés ayant deux antécédents familiaux différents ont été sélectionnés pour le séquençage complet de l'exome. Les variants à haut risque sélectionnés ont été confirmés et une analyse de ségrégation a été réalisée.

Résultats : Nous avons identifié un variant pathogène de perte de fonction du gène BRCA2 p.Val1283Lysfs dans trois cas et un variant pathogène rare dans OGG1, p.Arg46Gln qui co-ségrége avec un variant rare non sens dans BRCA2, p.K3326X, dans deux cas de cancer du sein. Ces variants n'ont jamais été décrits en Tunisie ou en Afrique du Nord.

Conclusion : Les antécédents familiaux et l'âge jeune de début de la maladie chez la patiente F1.1 sont corrélés à la présence d'un variant à forte pénétration (p.Val1283Lysfs) dans le gène BRCA2. Cependant, l'âge tardif de début et le phénotype moins sévère chez la patiente F2.2 sont la conséquence de la présence d'un variant à faible pénétration Lys3326X dans le gène BRCA2 qui co-ségrége avec un variant pathogène p.Arg46Gln dans le gène OGG1 uniquement dans les cas de cancer du sein.