Les maladies des poissons tropicaux peuvent être causées par des bactéries, des champignons ou des parasites. Les maladies des poissons tropicaux les plus courantes sont la septicémie, la maladie du coton, l'hydropisie, la pourriture des nageoires, l'Ich, l'infection de la vessie natatoire, l'œil qui éclate, le trou dans la tête, etc.
Ces maladies peuvent être traitées par Kanamycin Sulfate, Neomycin Sulfate, Pimafix, Melafix, Contrast, Fungistop, Waterlife Cuprazin, Waterlife Myxazin, Waterlife Protozin, Waterlife Sterazin. Les infections parasitaires peuvent être traitées en augmentant la température du réservoir.