La microbiologie buccale est l'étude des microorganismes (microbiote) de la cavité buccale et de leurs interactions entre microorganismes buccaux ou avec l'hôte. L'environnement présent dans la bouche humaine est propice à la croissance des micro-organismes caractéristiques qui s'y trouvent. Il fournit une source d'eau et de nutriments, ainsi qu'une température modérée. Les microbes résidents de la bouche adhèrent aux dents et aux gencives pour résister au rinçage mécanique de la bouche à l'estomac où les microbes sensibles à l'acide sont détruits par l'acide chlorhydrique.